《极秘搜查》改编自1978年发生在釜山的真实诱拐案件。刑警孔吉勇受孩子父母特别嘱托，负责这起案件。为保护被诱拐孩童的安全，他决定避开公开侦办，展开秘密搜查。

案件推进过程中，孩子的家人因极度焦虑，不断寻访各地有名的算卦店，想借此确认孩子的生死下落。然而算卦者给出的回答却模棱两可、令人不安，使家属在希望与绝望之间反复挣扎。

影片将刑警的秘密追查与家属的迷信求助两条线索交织，在真实事件基础上刻画了案件背后的人性焦灼、执念与无力感，呈现出一桩悬案带来的漫长煎熬。