《魔殿屠龙》延续倚天屠龙记的江湖余波。张无忌（尔冬升饰）将倚天剑与屠龙刀收管，九阴真经交予周芷若，九阳真经留于己手，本欲平息纷争。然而朱元璋登基称帝后，宋青书（万梓良饰）凭借绝世武功与易容术混入皇宫，被册封为国师。他表面辅佐朝政，实则暗藏野心，觊觎刀剑与两部秘笈中的武学奥秘。

宋青书利用易容术挑拨离间，假借朝廷之名对江湖各派施压，更设计陷害明教旧部，使张无忌陷入重重危机。周芷若因秘笈归属心生芥蒂，与张无忌关系再度紧张。随着宋青书阴谋逐步得逞，武林陷入混乱，昔日盟友反目成仇。

张无忌在赵敏等人协助下，追查国师真实身份，发现幕后黑手竟是宋青书。正邪对决一触即发，张无忌必须面对旧日情仇与家国大义的双重考验。影片以魔殿为决战之地，刀光剑影中揭露宋青书的野心，最终张无忌以九阳神功与太极之道破敌，守住武林正道，也解开与周芷若的心结。