《女神候补生》以星历4088年为背景，人类因星系间危机失去了绝大多数惑星，残存者将全部希望寄托于唯一幸存的惑星“ZION”。但ZION遭到不明外星生物“牺牲者”的猛烈侵袭，人类面临灭绝危机。为对抗这一威胁，一批少女被选为“女神候补生”，她们必须接受严酷的训练，驾驶特殊兵器与“牺牲者”作战。故事围绕这些少女的成长、羁绊与战斗展开，描绘她们在战火中逐渐成为人类最后防线的历程。作品融合科幻、机甲与少女战斗元素，展现了绝望中孕育的希望与勇气。