《魔法科高校的劣等生》第三季延续了原作轻小说“双七篇”至“南海骚乱篇”的剧情。司波达也虽被判定为魔法劣等生，却拥有超常的分解与重组能力，并作为国防陆军独立魔装大队的特尉暗中活动。妹妹深雪则是完美的优等生，对哥哥怀有超越亲情的信赖与爱慕。

本季中，达也一行前往冲绳参与魔法协会活动，却卷入国际犯罪组织“无头龙”与叛逃魔法师的袭击。同时，十师族内部权力斗争激化，一条将辉与吉祥寺真红郎等新角色登场，围绕“寄生体”与“魔法工学”的阴谋浮出水面。达也在保护深雪的同时，不得不与各国势力周旋，甚至直面来自USNA的强力魔法师安吉莉娜。

战斗场面全面升级，达也的“质量爆散”与“术式解体”再度展现压倒性力量，而深雪也以“冰炎地狱”等魔法支援兄长。剧情深入探讨魔法师的人权、军事利用与伦理困境，达也“劣等生”身份的真相逐步揭晓。最终，在南海的混乱中，兄妹二人携手击退强敌，但更大的世界性冲突已悄然逼近。