《调香师第二季》承接第一季结尾，紫苏为复活兄长青泽，以香为媒搜集散落人间的灵魂碎片。第二季开篇，紫苏在一场人间战乱中救下身负秘密的少女，却发现她与青泽的碎片有着神秘共鸣。与此同时，一股来自天界的暗流涌动，神秘调香师接连现身，以诡异香术争夺碎片，紫苏不得不在香道对决中一次次险胜。

随着碎片逐渐聚合，青泽的意识开始苏醒，但兄弟重逢的喜悦背后，一个更大的阴谋浮出水面——千年前的三界大战真相被改写，紫苏身中的千根透骨钉竟成为他人操控的棋子。本季中，紫苏与青泽的灵魂碎片产生前所未有的共鸣，香术境界突破至全新层次，却也引来天罚加剧。人间、天界、幽冥三线交织，紫苏必须在守护兄长与拯救三界之间做出抉择。最终，一场以香为阵、以魂为引的终极对决，将揭开青泽跳下诸仙台的真正原因，以及紫苏身世背后令人震惊的秘密。