《遗恨：明治十三年最后的复仇》以日本历史上官方记载的“最后复仇”为蓝本，讲述原秋月藩士臼井六郎的悲剧故事。明治十三年，六郎得知杀父仇人一濑直久已成为东京法院法官，遂踏上复仇之路。此时明治政府正大力推行依法治国，但复仇禁制令尚未颁布，六郎的行为处于法律与道德的灰色地带。

影片细腻刻画六郎内心的挣扎：一边是根深蒂固的武士道复仇传统，一边是新时代法治精神的感召。他与一濑直久的多次交锋，不仅是个人恩怨的对决，更象征着旧时代与新时代的碰撞。最终，六郎于明治十三年十二月十七日完成复仇，成为日本历史上最后一位被官方承认的复仇者。

本片通过这段尘封往事，深刻反思复仇、法律与人性的复杂关系，展现明治维新后日本社会转型期的阵痛与矛盾。