《忍者与杀手二人组的日常生活》讲述了一名从忍者之里逃出的女忍者佐藤子，因体力不支昏倒在街头，被路过的女高中生木叶救下。佐藤子本以为获得了短暂安宁，却很快被忍者之里派出的追兵找到。危急时刻，看似平凡的木叶竟以压倒性的战斗能力轻松击退了追兵。佐藤子这才发现，木叶的真实身份是一名实力强大的杀手。

两个各自隐瞒真实身份的少女，因这场意外相遇而开始了奇妙的同居生活。佐藤子努力适应普通人的日常，却屡屡因忍者本能闹出笑话；木叶则在执行杀手任务与照顾佐藤子之间来回切换。作品以单元剧形式展开，将温馨搞笑的日常与紧张刺激的杀戮任务交织在一起，在反差中制造笑点与看点。两位少女在相处中逐渐建立信任与羁绊，也让彼此冰冷的世界多了一份温暖。